大家好，我是同學(xué)小張，持續(xù)學(xué)習(xí)C++進(jìn)階知識(shí)和AI大模型應(yīng)用實(shí)戰(zhàn)案例，持續(xù)分享，歡迎大家點(diǎn)贊+關(guān)注，共同學(xué)習(xí)和進(jìn)步。 上篇文章我們通過(guò)一個(gè)簡(jiǎn)單的例子，學(xué)習(xí)了LlamaIndex的安裝和基本使用，使用 LlamaIndex 構(gòu)建了一個(gè)簡(jiǎn)單的RAG問(wèn)答系統(tǒng)。今天我們開(kāi)始系統(tǒng)化學(xué)習(xí)，首先看一下LlamaIndex的Load部分。Load部分負(fù)責(zé)文件數(shù)據(jù)鏈接。 0. 文件類(lèi)型加載器：SimpleDirectoryReader 上篇文章代碼的一開(kāi)始，我們就使用了這個(gè)Reader： fromllama_i

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第五期。第四期，我們使用了DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多種函數(shù)對(duì)細(xì)胞群和基因進(jìn)行了可視化。本期，我們將繪制餅圖、堆積柱狀圖、箱線圖、氣泡圖等，比較不同分組之間細(xì)胞比例差異。 1.背景 在細(xì)胞分群命名完成之后，我們可以比較不同樣本和分組之間細(xì)胞比例的差異。細(xì)胞發(fā)生癌變、腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移、藥物治療等刺激因素，都會(huì)導(dǎo)致腫瘤微環(huán)境中細(xì)

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第六期。第五期我們通過(guò)繪制餅圖、堆積柱狀圖、氣泡圖等，比較不同分組之間細(xì)胞比例差異。本期，我們將下載胃癌bulk數(shù)據(jù)（TCGA-STAD），篩選胃癌相關(guān)差異表達(dá)基因，根據(jù)差異基因list，使用AddModuleScore_UCell函數(shù)給上皮細(xì)胞亞群Seurat對(duì)象添加惡性評(píng)分，以此協(xié)助區(qū)分正常上皮和惡性上皮。 1.背景介紹 眾所周知，胃癌細(xì)胞是胃上皮細(xì)胞發(fā)生了惡性病變

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第七期。第六期我們根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中胃癌和正常胃組織之間的差異表達(dá)基因，定義了每個(gè)上皮細(xì)胞的惡性和非惡性評(píng)分。本期，我們將分析惡性上皮細(xì)胞G0-G4的Marker基因并繪制熱圖和小提琴圖，此外，我們還將使用AddModuleScore_UCell函數(shù)計(jì)算細(xì)胞的增殖和遷移評(píng)分。 建站客服QQ：88888888 1.背景介紹 細(xì)胞增殖是生物體的重要生命特征，細(xì)胞以分裂的方

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第八期。第七期我們使用AddModuleScore_UCell函數(shù)計(jì)算細(xì)胞的增殖和遷移評(píng)分。本期，我們將使用monocle2進(jìn)行擬時(shí)序分析。 1.背景介紹 系列推文前七期，我們共同學(xué)習(xí)了單細(xì)胞測(cè)序的基礎(chǔ)分析，從第八期開(kāi)始，我們將陸續(xù)學(xué)習(xí)擬時(shí)序分析（Pseudo-Temporal Analysis），“Copykat”分析及細(xì)胞通訊等高級(jí)分析。 疾病是一個(gè)動(dòng)態(tài)變化的過(guò)程，

今天給大家分享一下如何關(guān)閉監(jiān)控的廣告開(kāi)關(guān)，擺脫大數(shù)據(jù)監(jiān)控您的手機(jī)！大家有沒(méi)有感覺(jué)我們的手機(jī)好像對(duì)我們非常了解，仿佛成了最懂我們的那個(gè)人，我們每次你剛剛和別人聊完什么，然后手機(jī)呢就會(huì)給你推送什么，或者說(shuō)我們剛在某個(gè)軟件上買(mǎi)完?yáng)|西，別的軟件也會(huì)給你推送類(lèi)似的產(chǎn)品，其實(shí)這就是現(xiàn)在的大數(shù)據(jù)互聯(lián)網(wǎng)，那么我們?cè)鯓硬拍鼙苊獗桓?，怎樣才能保護(hù)我們的隱私呢？下面我們就一起來(lái)關(guān)閉監(jiān)控的開(kāi)關(guān)吧！ 首先第一步，我們需要去手機(jī)的設(shè)置里面，把有關(guān)于廣告的那些開(kāi)關(guān)按鈕把它關(guān)閉。我們點(diǎn)開(kāi)設(shè)置之后呢，直接點(diǎn)擊上方這里的搜索框

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十期。第九期我們用TCGA-STAD數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析。本期，我們將回到高級(jí)分析（CopyKAT分析），通過(guò)計(jì)算CNV評(píng)估上皮細(xì)胞良惡性。 1.背景介紹 在第六期推文中，我們聯(lián)合TCGA-STAD數(shù)據(jù)給上皮添加了惡性評(píng)分，從而協(xié)助區(qū)分腫瘤細(xì)胞與非腫瘤細(xì)胞。在高級(jí)分析中，我們可以利用inferCNV和CopyKAT對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行CNV(Copy number variati

{jz:field.toptypename/} 圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十一期。第十期我們使用通過(guò)CopyKAT分析計(jì)算CNV評(píng)估上皮細(xì)胞良惡性。本期，我們將對(duì)T細(xì)胞亞群進(jìn)行細(xì)分。 1.背景介紹 德國(guó)哲學(xué)家萊布尼茨說(shuō)過(guò):“世上沒(méi)有兩片完全相同的樹(shù)葉?！蔽锓N是有其多樣性的。對(duì)于細(xì)胞來(lái)說(shuō)同樣如此。從理論上講，我們可以對(duì)細(xì)胞亞群進(jìn)行無(wú)限分群。在初次分群時(shí)，可以不斷調(diào)整分辨率，同樣在細(xì)胞注釋之后，我

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細(xì)胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十二期。第十一期使用singleR對(duì)T細(xì)胞亞群進(jìn)行細(xì)分。本期，我們將進(jìn)入胃癌復(fù)現(xiàn)的最后一章，“細(xì)胞通訊”。 1.背景介紹 腫瘤微環(huán)境中細(xì)胞類(lèi)型、數(shù)量以及功能一直處于動(dòng)態(tài)變化的過(guò)程，各類(lèi)型的細(xì)胞組成了一個(gè)有序的統(tǒng)一體，而細(xì)胞之間頻繁的“互動(dòng)”維持著統(tǒng)一體的動(dòng)態(tài)平衡。這種互動(dòng)不僅存在于同類(lèi)型細(xì)胞之間，存在與不同類(lèi)型的細(xì)胞間，甚至是單個(gè)細(xì)胞的不同時(shí)間維度上。我們把這種互動(dòng)，

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹(shù)的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。繼胃癌單細(xì)胞復(fù)現(xiàn)系列完結(jié)之后，經(jīng)過(guò)了短暫的休整，我又回來(lái)了。之前每一期的推文，我都有認(rèn)真準(zhǔn)備。推文發(fā)出之后，也仔細(xì)閱讀了每一條留言。非常感謝大家的鼓勵(lì)。 接下來(lái)的一段時(shí)間里，我將再次開(kāi)啟一個(gè)新的學(xué)徒分享系列，給大家系統(tǒng)整理肺腺癌單細(xì)胞測(cè)序的代碼。 文章的具體內(nèi)容，二由老師已在生信菜鳥(niǎo)團(tuán)公眾號(hào)發(fā)布，請(qǐng)大家移步閱讀：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序+空間轉(zhuǎn)錄組描繪從癌前病變到浸潤(rùn)性肺腺癌的動(dòng)態(tài)演變。 本系列包括但不限于以下內(nèi)容：數(shù)據(jù)下載與讀取